Im Jahre 1791 wurde die Brauerei Rothaus durch das Benediktinerkloster St. Blasien bei der Gaststätte „Zum Rothen Haus“, die seit 1681 aktenkundig ist, gegründet. Der Standort war günstig gewählt, er bot ausreichende Wasservorkommen und durch seine Lage inmitten großer Wälder genug Holz zum Heizen in der direkten Umgebung. Die wichtige Handelsstraße von Freiburg über Grafenhausen nach Waldshut machte den abgeschiedenen Winkel zu einer geschäftigen Zwischenstation. Als höchstgelegener Punkt der Route lud Rothaus geradezu zum Verschnaufen ein. Es lag außerdem auf halbem Wege zwischen dem mächtigen Kloster St. Blasien und dessen neu erworbener Herrschaft Bonndorf. Der Gründervater, Fürstabt Martin Gerbert II., gilt heute nicht nur als berühmter Wissenschaftler, sondern auch als weitschauender Politiker, der sich besonders um die wirtschaftliche Förderung der ihm anvertrauten Herrschaftsgebiete kümmerte. Er hat im modernen Verständnis gute Strukturpolitik betrieben und außer der Brauerei Rothaus auch die Sparkasse Bonndorf, die zweitälteste Sparkasse Deutschlands, gegründet.
Im Zuge der Säkularisierung 1806 fiel die Brauerei Rothaus an das Großherzogtum Baden und hieß ab diesem Zeitpunkt „Großherzogliche Badische Staatsbrauerei Rothaus“. Schon 20 Jahre nach der Gründung beschloss man aufgrund der wachsenden Nachfrage die erste Erweiterung der Produktionsstätten. 1830 wurde der bis zu diesem Jahr bestehende Gebietsschutz für die Brauerei Rothaus in der Grafschaft Bonndorf aufgehoben. Um die immer noch wachsende Nachfrage nach Rothaus-Bier zu befriedigen, wurden in der Brauerei Rothaus in den Jahren 1842 bis 1846 umfangreiche Umbaumaßnahmen und Modernisierungen durchgeführt. 1847 vernichtete ein Brand Teile der Brauerei, den Dachstuhl und Teile der Vorräte. Durch den beherzten Einsatz der Mitarbeiter konnte das Übergreifen des Feuers verhindert werden, die gerade neu errichteten Gebäude blieben zum großen Teil erhalten und die Produktion wurde sehr schnell wieder aufgenommen. Im Zuge der Badischen Revolution 1848/49 wurde die Brauerei von Preußischen Truppen besetzt, die sich auf Kosten der Brauerei verpflegen ließen. Rund 120 Soldaten wurden in Rothaus stationiert. Mit der Reichsgründung und der Vereinheitlichung der Währungen im Jahre 1871 öffneten sich für die Brauerei Rothaus neue Märkte. 1875 investierte die Brauerei Rothaus in neue Technik: Ein Eisenbahn-spezialwaggon für den Biertransport, eine neue stärkere Dampfmaschine, eine neue Darre zur Malzproduktion, ein neuer Eiskeller, eine neue Hefereinigungs- und Sortiermaschine und weitere technische Geräte. Nur wenige Jahre später führte die Brauerei Rothaus das erste Rothaus Flaschenbier in den Handel ein. Weihnachten 1892 wurde das erste Rothaus Flaschenbier in St. Blasien verkauft. Fünf Jahre danach kaufte Rothaus ein „motorisiertes Transportfahrzeug“, der erste Rothaus LKW.
Das 20. Jahrhundert begann für die Brauerei Rothaus mit einem schweren Schlag. 1904 vernichtete ein Großbrand weite Teile der Brauerei, der Wiederaufbau sollte bis 1905 dauern. Auch der Erste Weltkrieg ging nicht spurlos an der Brauerei Rothaus vorüber. In dieser Zeit fehlten Rohstoffe, Mitarbeiter und Kunden. Betriebsmittel wurden zum Teil vom Militär in Anspruch genommen. Der Ausstoß der Brauerei Rothaus sank deutlich, von 32.000 Hektolitern 1913 auf 6.900 Hektoliter 1919 – dem Niveau von 1862. Um im härter werdenden Wettbewerb zu bestehen und die Brauerei Rothaus nach privatwirtschaftlichen Grundsätzen zu führen, wurde die Brauerei Rothaus 1922 in eine AG umgegründet. Die Brauerei Rothaus überstand den Zweiten Weltkrieg weitgehend unversehrt und musste erst nach Kriegsende auf Anweisung des französischen Militärgouvernements die Produktion kurzzeitig einstellen. Ziel dieser Maßnahme war es, die knappen Ressourcen im kriegszerstörten Deutschland zu schonen. In der Folgezeit war die Brauerei Rothaus bemüht, von der Militärverwaltung die zum Brauen nötigen Rohstoffe zugeteilt zu bekommen. Erst ab September 1948 besserte sich die Situation. Edwin Nägele führte 1956 als damaliger Brauereidirektor das Tannenzäpfle in der 0,33 l Flasche ein. Dies war zu jener Zeit ein durchaus ambitioniertes Vorhaben. In den 50er Jahren war es üblich, das Bier in 0,7 l Flaschen anzubieten. Trotz oder gerade wegen der ungewöhnlichen Größe fand das Tannenzäpfle jedoch schnell immer mehr Liebhaber. Hans Pfender wurde 1966 neuer Vorstand und führte die Brauerei Rothaus erfolgreich durch die 70er und 80er Jahre. Der Ausstoß wuchs auf deutlich über 300.000 hl und man investierte weiter in neue Technologien. 1991 übernahm Dr. Norbert Nothhelfer den Vorstand. In den folgenden 13 Jahren konnte er den Ausstoß fast verdreifachen und gleichzeitig die Brauerei Rothaus zu einer der modernsten Brauereien Deutschlands ausbauen.
Die anhaltend große Nachfrage nach Rothaus-Bieren hat in der Vergangenheit ständige hohe Investitionen notwendig gemacht, die die Brauerei Rothaus zu einem der modernsten Betriebe in Deutschland wachsen ließen. So wurde beispielsweise im Jahr 2006 das neue Sudhaus eingeweiht. Die sämtlich in Edelstahl ausgeführten Sudgefäße, Gär- und Lagertanks und Verrohrungen ermöglichen die Herstellung von Bierspezialitäten nach herkömmlichen Methoden (kalte Gärung, lange kalte Lagerung) unter bestmöglichen hygienischen Bedingungen. Mit dem Rothaus Alkoholfrei Tannenzäpfle und dem Rothaus Alkoholfrei Hefeweizen brachte die Brauerei Rothaus im Jahr 2009 ihre ersten beiden alkoholfreien Biere auf den Markt. Heute ist die Badische Staatsbrauerei Rothaus AG in Deutschland als Betrieb mit hervorragendem Markterfolg anerkannt. Die Ursachen dieses Erfolges liegen vor allem in der Qualität der Biere.
