1898 wird die Destillerie von John Tytler Thomson gegründet und nach dem Dorf benannt, in dem sie steht – im Gälischen „kleiner schwarzer Hügel”. Der Entwurf stammt vom bekannten Architekten und Ingenieur Charles Doig. Im Jahr 1899, Zehn Monate nach Produktionsbeginn platzt die Whiskyblase. Dies geht teilweise auf die Einflüsse der Pattison-Brüder zurück. Die Destillerie wird geschlossen.
Der Gin-Hersteller W. & A. Gilbey, der die Whiskykrise weitgehend unbeschadet übersteht, kauft die Destillerie 1903. Gilbeys Schwager, Charles Gold, übernimmt die Leitung von Knockando 1904 und startet ein Sofort-Programm mit Expansions- und Verbesserungsmaßnahmen. 1905 wird Knockando an das Streckennetz der Greath North of Scotland Railway angeschlossen.
1917 verbietet die Regierung den Betrieb von Brennblasen, um den Vorrat an Gerste zu erhalten. Die Produktion wird wieder eingestellt.
1950 kam der Umsatz wieder auf das Level vor dem Krieg. 1962 fusioniert W. & A. Gilbey mit United Wine Traders. Ein neues Unternehmen „International Distillers & Vintners” entsteht. 1968 werden die traditionelle Malztennen stillgelegt. 1971 wird Knockando als eigenständiger Single Malt vermarktet und nicht mehr für Blended Whiskys verwendet.
1978 präsentieren schließlich Justerini & Brooks eine offizielle 12 Jahre alte Abfüllung des Knockando.
